La Autonomía Universitaria es un concepto que nace con la idea misma de Universidad. Desde el más temprano origen de las universidades corporativas se entendió que era necesaria una distancia prudente entre el quehacer universitario y la intervención del Estado.

Desde la Edad Media, cuando se forman los primeros claustros universitarios en Occidente, la idea de autonomía académica, administrativa y financiera empezó a formarse como requisito esencial para el adecuado desarrollo de estas entidades. Es así como la Autonomía Universitaria result siendo una declaración permanente e irrenunciable de las universidades, quienes exigen el reconocimiento de un rango de independencia que les permita existir y actuar, hecho que se armoniza de forma adecuada con la noción moderna de Estado de Derecho